为促进我国医药考古发展，完善我国考古研究体系，建立中医药文物研究阵地，培养考古学与医药学交叉创新人才引入医药学科发展前沿，推动科技考古创新发展，诠释中医药文化精髓，推动中医药“传承精华，守正创新”发展。2023年5月，国家文物局批准以中国中医科学院中药研究所为依托单位设立“中医药文物研究国家文物局重点科研基地”（以下简称“科研基地”）。基地建设的承担单位为中国中医科学院中药资源中心和中国医史文献研究所。科研基地共分三个方向：①古代药物遗存方向；②出土医药器具方向；③出土医药文献方向。

科研基地的主要任务是面向中医药文物保护和研究的需求，在重要科技领域和方向上开展基础性工作和创新性研究。初步建成“古代药物遗存研究”“出土医药器具研究”“出土医药文献研究”的科技研发中心、人才孵化中心、成果辐射中心和交流合作中心。

科研基地已建立了分子考古实验室，药物遗存形态与显微研究平台，残留物分析研究平台，大型科研仪器总价值 2000 余万元。