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中国中医科学院中药资源中心发表整合药用植物组学平台 IMP

基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对天然产物研究的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。

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     为了解决这一紧迫问题,中国中医科学院中药资源中心开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台https://www.bic.ac.cn/IMP 。IMP 于 2023 年 10 月发表于 Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093/nar/gkad898。

     IMP收录了84个高质量的基因组(预期收录所有植物的基因组),整理了848,565,672个基因,以及2,158个转录组测序样本,涵盖了多个器官、组织、发育阶段和胁迫刺激。通过集成的10个分析模块,用户可以简单地在IMP中探索基因的注释、序列、功能、分布和表达。IMP的开发和使用将会从基础数据层面促进药用植物分子代谢途径的解析,进而在推动合成生物学的发展、促进药物发现和药物生产的天然来源的探索方面发挥重要作用。

     IMP 针对收录的数据提供了 10  个功能分析模块,示例性结果如下图,包括多基因表达图谱的绘制、共表达基因的搜寻和鉴定、基因簇的展示、BLAST  序列搜索、多序列比对、在线差异基因分析(样品相关性热图、差异基因热图和火山图)、GO/KEGG富集分析、GSEA 富集分析、IGV  基因组浏览器展示、引物设计、序列提取等。

    中国中医科学院中药资源中心陈同博士和杨莓博士(在读)为论文第一作者,黄璐琦院士、郭娟、袁媛为该论文共同通讯作者。相关工作得到中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金、中国中医科学院科技创新工程项目、道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室开放课题、国家重点研发专项等的支持。